ในปี ค.ศ. 1956 วิลเลี่ยมส์ได้แต่งงานกับบาร์บาร่า รูค (Barbara Ruick) นักแสดงและนักร้องชาวอเมริกัน ทั้งคู่มีลูกด้วยกันสามคน ได้แก่ มาร์ค ทาวเนอร์ วิลเลี่ยมส์, เจนนิเฟอร์ วิลเลี่ยมส์ และโจเซฟ วิลเลียมส์

วิลเลี่ยมส์กับรูคใช้ชีวิตคู่ด้วยกัน จนกระทั่งรูคเสียชีวิต ด้วยอาการเลือดออกในสมอง ในเดือนมีนาคม ปี ค.ศ.1974 อายุได้ 43 ปี เธอถูกพบว่าเสียชีวิตในห้องพักของเธอที่รัฐเนวาด้า ขณะกำลังถ่ายทำภาพยนตร์ที่นั่น

รูคใช้ชีวิตคู่กับวิลเลี่ยมส์ทั้งสิ้น 18 ปี

ในปี ค.ศ. 1980 วิลเลี่ยมส์แต่งงานใหม่กับซาแมนธาร์ วินสโลว์ (Samantha Winslow) ทำอาชีพช่างภาพ และได้ใช้ชีวิตคู่ด้วยกันจวบจนปัจจุบัน [38]

โจเซฟ วิลเลี่ยมส์

โจเซฟ วิลเลี่ยมส์ ลูกชายของจอห์น วิลเลี่ยมส์ เป็นทั้งนักร้องและ นักประพันธ์ดนตรีประกอบภาพยนตร์ โดยเขาเป็นนักร้องนำประจำวงร็อค Toto และมีผลงานดนตรีประกอบละครโทรทัศน์และภาพยนตร์ เขาเป็นผู้เขียนเพลง Lapti Nek ที่ใช้ใน การกลับมาของเจได (Return of the Jedi, 1983) [39] ฉากนักดนตรีต่างดาวเล่นดนตรีรื่นเริงให้แก่แจ็บบ้า ในภาพยนตร์นั้น ตัวเพลงจะเป็นเนื้อร้องภาษาต่างดาว โจเซฟได้ทำเวอร์ชันเนื้อร้องภาษาอังกฤษขึ้นมาด้วย ชื่อ Work it out โดยเขาเป็นผู้ร้องเอง แต่เวอร์ชันนี้ไม่ได้ใช้ในภาพยนตร์และไม่ได้รับการออกจำหน่าย ภายหลัง ในสตาร์วอร์สฉบับพิเศษที่นำกลับมาฉายโรงอีกครั้งในปี ค.ศ.1997 ฉากนี้ถูกเปลี่ยนด้วยการถ่ายทำเสริมและใส่ซีจีเข้าไป เพลง Lapti Nek ที่โจเซฟ วิลเลี่ยมส์เขียนจึงถูกตัดออก และแทนที่ด้วยเพลง Jedi Rock ประพันธ์โดยเจอร์รี่ เฮย์ (Jerry Hey)[40]